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Offres de thèse
Modélisation conjointe intérieure/extérieure de bâtiments à partir de données LiDAR - Joint Indoor/Outdoor Building Modeling from high cost LiDAR data
Deadline for the application : 15 june 2018
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Supervisor : Pierre Grussenmeyer (INSA) - pierre.grussenmeyer@insa-strasbourg.fr Co-supervisors : Renaud Marlet (LIGM) & Tania Landes (INSA)
DEVELOPPEMENTS DE TECHNIQUES DE MICROSCOPIE HOLOGRAPHIQUE NUMERIQUE POUR OBSERVER DES AFFINITES CELLULAIRES IN VIVO
Date limite de candidature : 15 mai 2018
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Directeur(s) de Thèse : TAKAKURA Yoshitate, MCF-HDR (y.takakura@unistra.fr) Co-encadrant : TWARDOWSKI Patrice, MCF (twardows@unistra.fr) Établissement de rattachement : Unistra
Collaborations : Ce travail de thèse aura lieu au sein de l’équipe TRIO (activités en imagerie interférentielle/holographie, Yoshitate Takakura, MCF-HDR) en collaboration avec Patrice Twardowski, MCF (simulations optiques/photoniques).
Résumé
Les affinités anticorps-antigènes, ainsi que la cinétique des réactions associées, permettent d’appréhender les mécanismes cellulaires comme ceux responsables de maladies infectieuses, de pathologies immunitaires, ou encore ceux que l’on cherche à déclencher dans la recherche des médicaments adaptés. Ces mécanismes peuvent s’observer à l’aide de techniques optiques comme la résonance du plasmon de surface (SPR : surface plasmon resonance) qui a permis un développement significatif de dispositifs d’observation imageants ou non-imageants, pour le monde industriel ou pour la recherche en amont. Les biopuces SPR sont des substrats supportant de fines couches nanométriques de métal, en général des films d’or, qui ont été fonctionnalisées par des molécules pouvant recevoir des ligands – anticorps ou antigènes – capables de capturer des analytes – antigènes ou anticorps – lorsque ces derniers passent à proximité de la couche active. L’accumulation de couples ligands-analytes au niveau de l’interface se manifeste par la création d’une strate auto-assemblée (SAM : self assembled monolayer) qui modifie les conditions de la résonance SPR lorsque la puce est éclairée par une lumière adaptée, induisant un décalage angulaire de la raie d’absorption caractéristique de l’excitation du plasmon de surface. La détection SPR reposant sur les variations temporelles du minimum de lumière réfléchie, les systèmes associés ne permettent pas d’analyser le mécanisme tridimensionnel de capture ou de libération des analytes par les ligands lors des essais d’affinités anticorps-antigènes. Des techniques impliquant la microscopie Raman confocale ont été développées dans cette optique mais nécessitent une instrumentation conséquente pour un champ d’analyse restreint. L’équipe TRIO du laboratoire ICube a significativement contribué au développement d’instruments et de traitements dédiés aux recherches d’holographies analogique et numérique. Elle a récemment mis en place un microscope holographique numérique (DHM : digital holographic microscope) dont l’architecture sera optimisée pour l’observation des mécanismes moléculaires conduisant à la formation de la SAM. Le travail de la thèse qui est proposée consiste à poursuivre le développement du DHM pour l’analyse des réactions moléculaires grâce à des outils de conception assistée par ordinateur, à proposer des méthodes numériques de traitement pour imager dynamiquement la SAM de manière tridimensionnelle et à initier un travail de validation sur des réactions anticorps-antigènes connues.
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